没有生成高效复合物的因素有很多。首先，可能是没有选对合适的转染试剂。挑选转染试剂时应考虑基因的种类及分子量等因素。其次，有的转染试剂对血清的影响很大，应在无血清情况下进行转染。使用君研生物的Jurnyarn®系列转染试剂无需考虑血清对转染体系的影响，可在含血清培养基中进行转染。
影响细胞转染效率的因素有很多。首先，与所转染细胞有关，有的细胞容易转染，如HeLa、B16F10、293T等。有的细胞不易转染，如4T1、NIH3T3、BMDC等。其次，与转染试剂的用量及与DNA的比例有关，在最佳的转染比例附近可以达到最佳的转染效果。最后，没有使用最适宜的细胞密度，应根据各种转染试剂的说明书中推荐的细胞密度进行细胞接种，更有利于提高转染效率。
无论使用哪一款基因转染试剂，都应严格按照该转染试剂的说明书进行操作，其中包括转染试剂的用量、基因用量、最佳转染比例、孵育时间、检测时间等重要因素。
导致转染时细胞毒性大的因素有很多，例如DNA的用量过大、转染试剂的用量过大、转染时细胞状态较差以及培养基中抗生素的加入等。建议严格按照所选择转染试剂的说明书进行操作，以避免细胞毒性大的问题。
转染效果不稳定一般与两个因素紧密相关，一个是转染试剂的稳定性，另一个是基因的稳定性。转染试剂应按照说明书建议的保存温度及条件进行保存。如使用脂质体类的转染试剂，则不建议反复冻融，会引起该转染试剂结构上的变化。基因如短时间内连续使用，可放置于4℃保存。若超过10天不使用，建议置于-20℃或-80℃长期储存以降低核酸的降解速度
如发现转染试剂出现云雾状浑浊应立即联系客服人员。基因转染试剂一般都呈清澈透明状态，呈云雾状浑浊可能是由于转染试剂发生了污染或储存温度太低，请务必按照试剂说明书要求的温度进行储存。如出现此现象，建议温浴10分钟后，观察是否澄清。
当转染试剂和基因的用量都高于说明书用量，或复合物的孵育体系体积小于说明书建议时，由于体系中过量的电荷发生了聚集会导致体系中的复合物出现沉淀。建议要严格参考说明书的用量进行转染。
影响siRNA沉默效率的因素很多，如基因本身是否被环境中的RNA酶污染降解？或所使用的细胞是否为难转染细胞？以及是否按照说明书建议的用量进行了操作等。首先应该选择合适的siRNA基因转染试剂，确保细胞密度在60-70%之间，并严格按照说明书建议的用量去使用操作。
当细胞同时转染DNA和siRNA时，建议使用分别转染的方式进行。即使用基因转染试剂分别与DNA和siRNA进行复合，再将两个复合物体系分两次分别加入到同一个装有细胞的实验孔中。因DNA和RNA的转染机理不相同，如只想使用一种转染试剂同时转染两种基因，建议一定要使用通用型基因转染试剂，如Jurnyarn®Transfection Reagent plus，及可以转染DNA又可以转染RNA